재료 연구실의 문헌 조사나 프로젝트 노트 관리에 맞춰, 주제별 폴더를 만들고 각 논문에서 추출한 조건·결과·비고를 파일 단위로 누적하는 구조를 시험해 볼 수 있다. 이렇게 하면 에이전트가 며칠에 걸친 문헌 수집이나 가설 정리에서도 이전 맥락을 잃지 않고 계속 이어갈 수 있다.
특히 서로 충돌하는 측정값이나 조건 누락을 정리해야 하는 경우, 파일시스템을 일종의 살아 있는 연구 노트로 쓰는 접근이 유용할 수 있다. 다만 재료 데이터의 스키마가 자주 바뀌고, 사람이 읽기 쉬운 노트와 기계가 읽기 쉬운 구조화 사이의 균형을 잘 맞춰야 한다.