재료 자동화에서는 계산 제출, 데이터베이스 조회, 후처리, 시각화, 실험장비 제어가 서로 엮이므로, 한 단계씩 도구를 고르다 보면 에이전트가 불안정해질 수 있다. 그래서 DFT 제출기, 파싱 스크립트, 물성 DB 조회, 플롯 생성기를 묶음으로 선택하게 해보는 시도가 가능하다.
초기에는 도구 20~50개 정도의 제한된 내부 스택에서 시작해, 어떤 작업 유형에 어떤 조합이 자주 필요한지 학습시키는 것이 현실적이다. 이후에는 “어떤 단일 도구를 쓸지”보다 “어떤 도구 묶음이 다음 10분의 작업을 끝내는 데 필요한지”를 기준으로 평가해볼 수 있다.